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2018年1月

任命

70%的园艺

30%的计算数学、科学和工程

教育

博士后研究员,加州大学戴维斯bob体育登录分校(2009 - 2013)

生物科学博士学位,冷泉港实验室(2004 - 2009)

b在遗传学、加州大学戴维斯分校(1999 - 2003)

bob体育登录研究的兴趣

结构,无论是无机物质,生物的形态,或精心设计的对象————数据丰富的文化。如果信息包含在一个单一的材料,生物,或文化产品是巨大的、集体的信息包含在宇宙的事情是深不可测的。

x射线计算机断层扫描(CT)创建对象重建微米的分辨率,但量化方法和总结的形状和结构缺乏这些精致的对象。新兴的拓扑数据分析(TDA)是一家集从纯数学的工具,量化数据的形状。这些工具包括持续的同源性,使得一个代数结构描述符总结变化在一个变化的参数,和映射图,它提供了一种骨架化结构的镜头选择过滤功能。不同的过滤功能突出不同特性数据。

我们将使用x射线CT和TDA量化图形的性质,尤其是的植物。进化、驯化和环境塑造生物体的形态。嵌入在有机体的形态信息,是关于基因在作物增产,调制了进化创造惊人的多样性植物,或特性,可以用来作为代理来测量环境和气候变化对植物的影响。也有机会改变我们的视角的植物表型:而不是一系列的开发通过时间的形状,也可以描述作为一个单一的植物形式,4 d形状。我们将使用x射线CT使用TDA探索植物形态学和分析,开发,可塑性,和创新思考的新方法,描述,量化,利用形状信息在植物科学和超越。

选定的出版物

李米,H, Angelovici R, Bagaza C, Batushansky,克拉克L, Coneva V,多诺霍M,爱德华兹E、D法,方H,弗兰克·M,加拉赫T, Gebken年代,希尔T,央斯基,考尔B, Klahs P,克莱因L, Kuraparthy V,伦敦J, Migicovsky Z,米勒,莫恩R·迈尔斯,Otoni W,皮雷JC, rif E, Schmerler年代,斯普里格E, Topp C, Van Deynze,张K,朱L,辛克BM,过DH (2018)拓扑数据分析的形态学方法:使用持久性同源叶子Morphospace的界线。植物科学。9:553。DOI:https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00553

Bucksch, Atta-Boateng Azihou AF, Battogtokh D,费利克斯,粘合剂BM, Braybrook SA Chang C, Coneva V,德威特TJ,弗莱彻AG)国家,Diaz-Martinez DH,香港L, Iyer-Pascuzzi,克莱因噢,Leiboff年代,李米,林奇JP, Maizel,马卢夫约,Markelz这,马丁内斯CC,米勒,绪W, Palubicki W,要隘H, Pradal C,价格CA, Puttonen E,瑞茜·J, Rellan-Alvarez R,斯伯丁EP,火花EE, Topp CN,威廉姆斯J,过DH (2017)植物形态学建模:在植物科学释放几何和拓扑潜能。植物科学。8:900。DOI:https://doi.org/10.3389/fpls.2017.00900

李米,邓肯•K Topp CN,过DH (2017)持续的同源性和植物的分支拓扑。J机器人。104 (3):349 - 353。DOI:http://dx.doi.org/10.3732/ajb.1700046