Ning江

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博士学位

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2004年8月

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教育

博士,植物生物学,佐治亚大学,2002
硕士,植物生理学,扬州大学,1986
南京大学植物生理学与生物化学学士,中国,1983

bob体育登录研究的兴趣

我的主要研究目标是探索bob体育登录转座因子(TEs)的功能,以了解真核生物基因组多样化背后的力量。现在似乎很清楚,每个基因组都拥有一个独特的转座因子谱,其中不同比例的转座因子是活跃的。一个悬而未决的问题是TEs的多样性如何影响它们所在基因组的进化轨迹。我使用基于计算和分子生物学的方法来解决这个问题,并分析来自多种植物物种的基因组序列的不断增加的数据库。

选定的出版物

  • 薛斌,魏智敏,范布伦,R。江,N。(2019) GingerRoot:植物和动物中一种新的DNA转座子编码整合酶相关转座子。中国生物医学工程学报11(11):3181-3193。

  • 或者,S。江,N。(2019) LTR_FINDER_parallel: LTR_FINDER的并行化,能够快速识别长端重复逆转录转座子。暴徒DNA 10:48。

  • Ou, S, Su W, Liao Y, Chougule K, Agda JRA, Hellinga AJ, Lugo CSB, Elliott TA, Ware D, Peterson T,江N, Hirsch CN, Hufford MB(2019)对可转置元素注释方法进行基准测试,用于创建精简、全面的管道。中国生物医学杂志20(1):275。

  • Ou, S, Chen, J.和江,N。(2018)。使用LTR组装指数(LAI)评估基因组组装质量。核酸研究。46(21):e1bob体育登录26。

  • 瑟宾,S.和江,N。(2018)。转座元件复制宿主基因。遗传学与发展,49:63-69。

  • 赵丹,哈密顿,j.p,瓦扬古,B.,张伟,艾曾加,G. C.,崔勇,蒋,J.,布尔,C. R.和江,N。(2018)。pack - mule独特的表观遗传特征及其对染色体碱基组成和表达谱的影响。核酸研究,46(5):238bob体育登录0-2397。

  • Ou, S,和江,N。(2018)。ltr_retrier:用于长末端重复逆转录转座子鉴定的高度准确和敏感的程序。植物生理学报,37(2),337 - 344。

  • 赵,D.,汉密尔顿,J. P., Hardigan, M.,殷,D., He, T., Vaillancourt, B., Reynoso, M., Pauluzzi, G.D., Funkhouser, S.,崔,Y., Bailey-Serres, J.,蒋,J. C., Buell, C.R.和江,N。2017.对水稻中核糖体相关mrna的分析揭示了转录本大小和GC含量在翻译中的重要性。G37:203 - 219。

  • 康H.,朱D.,林R., Opiyo, S.O,江,N。,邵世辉,王光利,2016。一种通过扫描高通量短读识别多态转座因子的新方法。DNA研bob体育登录究,23(3),241-251。

  • 赵,D.,弗格森,A. A., &江,N。2016.植物基因组的组成:转座因子和基因之间逐渐消失的界限。生物化学与生物物理学报(BBA)-基因调控机制,1859(2),366-380。

  • 赵,D.,弗格森,A. E., &江,N。2015.水稻突变体样元素在酿酒酵母中的转位。植物细胞。27(1), 132 - 48。

  • 罗敏敏、蔡尔兹、柯立林、坎贝尔、蔡敏生、斯坦因、j.c.、奥尔森、a.j.、霍尔特、潘奇、N.、雷、J.、焦、D.、安道夫、c.m.、劳伦斯、c.j.、韦尔、邵秀生、孙杨、江,N。杨德尔,M. 2015。利用MAKER-P对玉米基因组注释进行自动更新、修订和质量控制,改进了B73 RefGen_v3基因模型并识别新基因。植物生理学。167(1), 25 - 39。

  • 赵,D。江,N。2014.在玉米和水稻中,引子的嵌套插入和积累与类突变转座因子的丰度呈负相关。PLoS ONE 9 (1): e87069。

  • 徐,Y。,江,N。2014.陈安,邹志强,涂志强,陈安,赵启强,向哲,何宁。逆转录转座子“Qian”介导家蚕的节段复制,昆虫生物化学Mol Biol 46,9 -16。

  • 坎贝尔,M. S.,劳,M.,霍尔特,C.,斯坦因,J. C.,莫赫,G. D., Hunagel, D. E.,雷,J.,阿查瓦纳塔昆,R.,焦,D.,劳伦斯,C. J.,韦尔,D.,邵绍华。,蔡尔兹,K. L.孙,Y.,江,N杨德尔,M. 2014。MAKER-P:用于快速创建、管理和质量控制植物基因组注释的工具包。植物生理学。164 513-524。

  • 弗格森,A,赵,D,和江,N。2013.基于GC含量和表达广度的pack - mule基因组序列的选择性获取和保留。植物生理学,163,1419 -1432。

  • 弗格森,A。江,N。2012.突变植物中具有多个长端倒置重复序列(TIR)的类元件。比较与功能基因组学。2012。

  • 弗格森,A。江,N。2011.pack - mule:通过gc偏颇获取回收和重塑基因。移动遗传元素1:35 5-138。

  • 江,N。2011年,弗格森,斯洛特金,R. K.利施。Pack-Mutator-like转座元件(pack - mule)通过偏置插入和DNA获取诱导基因的定向修饰。美国国家科学研究院108:1537 - 1542。

  • Ammiraju j.s.,范超,余永华,宋晓霞,Cranston K.A, Pontaroli A.C, Lu F., Sanyal A,江N。,陈敏,陈明,陈世杰,王永荣。2010。该属同种异体四倍体种基因组进化的时空格局选用。植物J. 63:430-442。

  • 张宏,梁伟,杨X,罗X,江,N。马宏,张东,2010。缺碳花药CSA编码MYB结构域蛋白调控水稻花粉发育所需的糖分配。植物学报22(3):672-89。

  • 冢本,T., Hauck, N.R., Tao, R.,江,N.和Iezzoni A.F. 2010。四种非功能性植物的分子遗传学分析年代源自共同祖先的单倍型变异年代酸樱桃发现单倍型(李属杂交授粉l .)遗传学报184(2):411-27。

  • 高,维吉尔,N,金姆,人力资源,墙体,J.G。张,W,风扇,C。,,Y。,妈,J。,Sanmiguel, P。江,N。,程泽,Wing, R.A, Jiang, J.and Jackson, S.A. 2009。一种谱系特异性着丝粒反转座子选用brachyantha.植物学报60(5):820-831。

  • 江,N。高迪,肖晓华,范德克纳普,E. 2009。番茄的基因组组织太阳异常逆转录转座子的位点和特征骑手.植物J. 60:181-193。

  • Hanada, K., Vallejo, V., Nobuta, K., Slotkin, r.k., Lisch, D., Meyers, b.c., Shiu, S.H.和江,N.2009.从纯化选择和表达谱推测水稻中包装骡子的功能作用。植物Cell21:25-38。

  • Lisch, D.和江,N.2009.突变以及MULE转座子。《玉米手册:遗传学和基因组学》,J.L. Benntzen和S. Hake主编(纽约:施普林格),第277-306页。

  • Ammiraju,刘昌明,陆,F。,Sanyal, A。,,Y。,歌曲,X。,江,N。彭塔洛里,a.c.,兰博,T., Currie, J., Collura, K., Talag, J., Fan, C., Goicoechea, j.l., Zuccolo, A., Chen, J., Bennetzen, j.l., Chen, M., Jackson, S.和Wing, R.A. 2008。通过对水稻属垂直数据集的比较基因组分析,揭示了水稻基因组的动态进化。植物细胞203191 - 3209。

  • 小H。江N。李志强,李志强,李志强。2008。反转录转座子介导的基因重复是番茄果实形态变异的基础。科学319:1527 - 1530

  • Ammiraju j.s.s., Zuccolo A., Yu ya ., Song X., Piegu B., Chevalier F., Walling J.G., Ma J., Talag J., Brar d.s., SanMiguel P.J,江N。, Jackson S.A, Panaud O. and Wing R.A. 2007。一个古老的逆转录转座子家族的进化动态为该属基因组大小的进化提供了见解选用。植物J. 52:342-51

  • 坎贝尔,文学硕士,朱,W。江,N。,哈斯,B.I.,林,H.,欧阳,S.,蔡尔兹,K.L.,汉密尔顿,J.P.和布尔,C.R.。2007.禾本科系特异基因的鉴定与鉴定。植物Physiol.145:1311-22。

  • 张珊珊,顾永强,辛格,杰,科尔曼-德尔,D., Brar, D.S.,江,N。勒莫,P.G. 2007。水稻基因组进化的新见解:高基因共线性和差异逆转录转座子扩增。植物摩尔生物学。64:589-600。

  • 霍利根,D,张,X,江,N。,普里瑟姆,E.J.和威斯勒,S.R. 2006。模式豆科植物的转位要素景观Lotus对虾.遗传学174:2215-28。

  • 冢本,T., Hauck, N.R., Tao, R.,江,N.2006酸樱桃中3种无功能s单倍型的分子特征(李属杂交授粉)植物摩尔生物学。62:371-183。

  • 张珊珊,陈超,李良,孟,L.,辛格,J,江,N。邓晓伟,何志华,李文华,2005。水稻壁相关激酶基因家族的进化扩展、基因结构和表达。植物物理。139:1107-24。

  • 江,N。张晓明,鲍志明,张晓明,张晓明,张晓明。2004。包骡转座元件介导植物基因进化。自然431:569 - 573。

  • 费尔特斯,f.a.,万,J,舒尔茨,s.r.,斯蒂尔,j.c.,江,N。帕特森,A.H. 2004。水稻亚种遗传育种的SNP资源籼稻而且粳稻基因组比对。基因组Res。14:1812-9。

  • 江,N。,费肖特,C.,张,X.和威斯勒,S.R. 2004。利用水稻了解螨虫的来源和传播。咕咕叫。当今。植物生物学,7:115-119。

  • 张,X。,江,N。,费肖特,C.和威斯勒,S.R. 2004。论坛而且发出难闻的气味类元素:分布、演化及与旅游- - - - - -就像微型的倒置重复转座元件。genetics166:971 - 986。

  • 江,N。张晓明,鲍志明,张晓明,张晓明,张晓明,张晓明,张晓明,张晓明。水稻中活跃的DNA转座子家族。自然421:163 - 167。

  • 江,N。,乔丹,I.K.和威斯勒,S.R. 2002。办公会而且RIRE2:水稻基因组中的非自主LTR元件及其假定的自主伙伴。植物物理。130:1697-1705。

  • 江,N。,鲍志强,郑志强,姜志强,荣r.a.,麦可,S.R.和威斯勒,S.R. 2002。办公会:一种新近扩增的非自主LTR元件,是水稻近核区域的主要成分。遗传学161:1293 - 1305。

  • Feschotte, C。江,N。韦斯勒,S.R. 2002。植物转座因子:遗传学与基因组学相遇之处。自然Rev. Genet 3:329-341。

  • 江,N.韦斯勒,S.R. 2001。嵌套元素分析揭示了玉米和水稻螨虫的插入偏好。植物细胞13:2553-2564。

  • 张X, Feshotte, C.,张Q.,江,N。,埃格尔斯顿,W.B.和威斯勒,S.R. 2001。P不稳定因子:与扩增相关的活性玉米转座子系统旅游像螨虫和一个新的转座酶超家族。Proc。国家的。学会科学。美国。98:12572 - 12577。